Je kühler die Bedingungen sind und je langsamer die Keimung und Jugendentwicklung der jungen Maispflanzen dauert, desto größer ist die Gefahr von Auflaufkrankheiten.
Diese sind vor allen Dingen verschiedene Fusarium-Arten, Phytium-Arten, sowie Dpilodia zeae, Microdochium bolleyi, Collteotrichum graminicola, Drechslera sorkiniana.
Typische Schadbilder sind lückige und ungleichmäßige Bestände. Die Erreger schädigen sowohl Samenkörner, Wurzeln als auch Blätter. An den Wurzeln und unterirdischen Sprossteilen sind wässrige oder hell bis dunkelbraun verfärbte Flecken zu sehen, Körner sind dunkel verfärbt. Bei starkem Befall sterben die Pflanzen ab.
Die Erreger können sowohl mit dem Saatgut übertragen werden, als auch bodenbürtig vorhanden sein.
Befallsmindernd sind alle Maßnahmen, die ein zügiges und schnelles Keimen und Auflaufen begünstigen, wie ausreichende Bodentemperatur (>10 ° C), Bodenstrukur, Saatbett, Saattiefe und Nährstoffversorgung des Keimlings. Auflaufkrankheiten können durch Beizung verhindert werden.
Bei LG sind deshalb standardmäßig alle Sorten für konventionelle Betriebe mit einer fungiziden Basis ausgestattet.